Organi fakultete so:
- senat,
- akademski zbor,
- upravni odbor,
- študentski svet,
- dekan,
- prodekan,
- tajnik fakultete,
- komisije.
Strokovna opravila za delo fakultete opravlja tajnik.
Fakulteta ima lahko tudi druge organe v skladu s statutom in na podlagi sklepa upravnega odbora.
Senat
Je najvišji strokovni organ fakultete in šteje enajst (11) članov. Sestavlja ga osem (8) visokošolskih učiteljev, trije (3) študenti in dekan.
Senat fakultete
Senat Fakultete za strojništvo sestavljajo: prof. dr. Ivan Bajsić, doc. dr. Matjaž Depolli, doc. dr. Malči Grivec, prof. dr. Janez Kopač, prof. dr. Andrej Lipej, izr. prof. dr. Franci Merzel, doc. dr. Tomaž Perme, prof. dr. Mirko Soković, Luka Bahor, Jan Butara in Marcel Žan Jerovšek.
Akademski zbor
Akademski zbor sestavljajo visokošolski učitelji in sodelavci. Pri njegovem delu sodelujejo tudi študenti, v številu ki je enako ali večje od petine članov akademskega zbora. Akademskemu zboru predseduje doc. dr. Marko Vrh.
Akademski zbor Fakultete za strojništvo sestavljajo: visokošolski učitelji in sodelavci (24), predstavniki študentov (6).
Upravni odbor
Je organ upravljanja fakultete. Odloča o zadevah materialne narave in skrbi za nemoteno materialno poslovanje fakultete. Delo upravnega odbora vodi predsednik, ki ga izvolijo člani upravnega odbora izmed sebe z večino glasov vseh članov upravnega odbora za mandatno dobo enega leta.
Upravni odbor Fakultete za strojništvo sestavljajo: akademik prof. dr. Marjan Blažič (predsednik), Jože Derganc, Tanja Radovan.
Študentski svet
Študentski svet sestavljajo predstavniki študentov. Študentski svet obravnava in daje pristojnim organom mnenje o vseh zadevah, ki se nanašajo na pravice in dolžnosti študentov. Študentski svet oblikujejo študentje fakultete. Mandat članov študentskega sveta traja eno leto. Člane študentskega sveta imenujejo študentje fakultete na skupščini študentov, ki se skliče na začetku prvega predavanja na začetku študijskega leta.
Študentski svet Fakultete za strojništvo sestavljajo: Marcel Žan Jerovšek (predsednik), člani.
Dekan je poslovodni organ in strokovni vodja fakultete. Dekan predlaga upravnemu odboru, senatu in drugim organom fakultete v sprejem splošne akte, sklepe in usmeritve in odgovarja za njihovo izvrševanje. Dekan predstavlja fakulteto in jo zastopa v pravnem prometu. V primeru ko funkciji strokovnega vodje-dekana in poslovodnega organa-direktorja nista ločeni, vse pogodbe, ki se nanašajo na denarne ali druge obremenitve fakultete, ki presegajo vrednost opredeljeno v statutu, na statusne, organizacijske in institucionalne spremembe fakultete oziroma njenih organizacijskih enot, sopodpisuje predsednik upravnega odbora, razen če ni s statutom drugače določeno.
Dekan Fakultete za strojništvo je: prof. dr. Andrej Lipej
Prodekan pomaga dekanu pri izvajanju nalog, ki jih določi dekan. Fakulteta ima enega ali več prodekanov. Prodekan, ki vodi določeno organizacijsko enoto fakultete, za svoje delo odgovarja na podlagi pogodbe o uvedbi in realizaciji programa ali projekta fakulteti kot celoti ter konkretnemu ustanovitelju projekta ali programa. Fakulteta ima prodekana za pedagoško delo. Prodekan za pedagoško delo vodi, koordinira in nadzoruje izvajanje vseh postopkov, ki jih Fakulteta za strojništvo vodi na področju študijskih programov ter skrbi za varovanje pravic in dolžnosti študentov.
Prodekan za študijske zadeve je: izr. prof. dr. Franci Merzel.
Prodekan za znanstveno raziskovalno delo je: doc. dr. Elvis Hozdić
Komisijo za študijske zadeve sestavljata najmanj dva visokošolska učitelja in prodekan za pedagoško delo, ki je predsednik komisije po položaju. Člani komisije morajo v največji možni meri zastopati vsa področja študijskega programa.
Komisijo za študijske zadeve Fakultete za strojništvo sestavljajo: izr. prof. dr. Franci Merzel (predsednik), prof. dr. Ivan Bajsić, prof. dr. Andrej Lipej.
Komisijo za razvojno raziskovalno dejavnost sestavljajo najmanj dva visokošolska učitelja oziroma znanstveni delavci, od katerih je eden od članov prodekan za znanstveno raziskovalno delo, ki je predsednik te komisije po položaju. Naloge in pristojnosti komisije za znanstvenoraziskovalno delo in mednarodne odnose so skrb za razvoj raziskovalnega in razvojnega dela, usklajevanje prijav na domače in tuje razpise, usklajevanje letnih programov dela inštitutov in drugih raziskovalnih enot, pospeševanje interdisciplinarnega sodelovanja na področju R&R, skrb za usklajeno mednarodno sodelovanje na pedagoškem in raziskovalnem delu.
Komisijo za razvojno raziskovalno dejavnost Fakultete za strojništvo sestavljajo: doc. dr. Elvis Hozdić (predsednik), prof. dr. Mirko Soković, Matej Štefanič, pred.
Komisijo za kakovost je osrednji organizacijski organ, ki dela na področju kakovosti. Naloge in pristojnosti komisije za kakovost so obravnava poročila fakultete o spremljanju, ugotavljanju in zagotavljanju kakovosti s področja fakultete kot celote, izobraževanja in raziskovanja, obravnava predlog kazalcev in standardov ter postopkov za spremljanje učinkovitosti po pomembnejših področjih dejavnosti fakultete, opravlja druge naloge v skladu s splošnimi akti fakultete, pravili fakultete in sklepi senata.
Komisijo za kakovost Fakultete za strojništvo sestavljajo: mag. Milan Šturm (predsednik), Maša Mamić, Andreja Ašič Vodopivec, Tina Piltaver (predstavnika študentov imenuje študentski svet UNMFS).
Komisijo za priznavanje znanja in spretnosti, pridobljenih pred vpisom Fakultete za strojništvo sestavljajo: izr. prof. dr. Franci Merzel (predsednik), prof. dr. Ivan Bajsić, prof. dr. Andrej Lipej.